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Beta1とBeta2は同時にインストールすることが可能ですが、AIRアプリケーションをインストールする際に、両方インストールされているとエラーになる場合があるということです。
たとえば、私の環境では、AIRアプリケーション「Skimee」は、Adobe AIR Beta2がインストールされている状態ではうまくインストールできませんでした。
その際は、Beta2をアンインストールしてからもう一度インストールしなおすとうまくいきます。

もう一つの注意点。それはBeta1もBeta2も有効期限が設定されているということです。
Beta 2は2008年6月1日まで。
Beta 1は2007年12月11日までしか動作しないように設定されています。

現時点では、AIRアプリケーションを作成する際に、Beta1とBeta2の両方で動作することが好ましいですね。
それと同時に、常に最新版をチェックしてダウンロード＆動作チェックしておくようにしておきたいですね。